ＮＰＯ法人だから印紙税は課税されないというのは領収証の場合です。委託契約の場合を除き、契約書には非課税の規定がありませんので課税されます。なお、請負契約であっても、国や自治体は非課税ですので、契約書を２通作った場合、ＮＰＯの印紙を貼った契約書は相手方に、相手方の印紙を貼らない契約書がＮＰＯ側に残ることになります。
以上をまとめると、下記のようになります。
本則 ＮＰＯ 国・自治体
領収証（第17号文書） 課税 非課税 非課税
請負契約書（第2号文書） 課税 課税 非課税
委託契約書（規定なし）非課税 非課税 非課税
（赤塚）
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