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政府は、１月２３日の臨時閣議で「平成２１年度税制改正の要綱」と「税制改正関連法案」を決定し、国会へ提出した。昨年１２月１９日に決定された政府の税制改正大綱を受け、来年度のみ、認定ＮＰＯ法人における初回と２回目の認定では、実績判定期間を２年とできる特例が盛り込まれている。

認定NPO法人の特例について、閣議決定された内容は、昨年１２月１９日に財務省が発表した「平成２１年度税制改正の大綱」と同様となっている。
平成２１年度税制改正の要綱における該当箇所は下記の通り。

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平成２１年度税制改正の要綱

２１．１．２３
閣議決定

八 納税環境整備

９ 認定ＮＰＯ法人制度について、平成20 年度税制改正における認定要件等の実績判定期間の延長に伴う経過的な措置として、初回又は２回目の認定を受けようとするＮＰＯ法人が平成22年３月31日までに申請を行う場合のパブリック・サポート・テスト等の実績判定期間を２年（原則５年）とすることができる特例を設ける。
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今回の認定NPO法人における実績判定期間短縮の特例については、下記ニュースも参照。
NPOWEBニュース「政府、来年度のみ判定期間を緩和へ」
/2008/12/その他-政府、来年度のみ判定期間を緩和へ/

また、NPO法人における収益事業の軽減税率変更に関する内容も「平成２１年度税制改正の大綱」と同様となっている。
ＮＰＯ法人の法人税は、現在３４業種の収益事業に対して、中小法人等への軽減税率が適用されている。
平成２１年度税制改正の要綱における該当箇所は下記の通り。

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三　中小企業関係税制

１　中小法人等の平成21年４月１日から平成23年３月31日までの間に終了する各事業年度の所得の金額のうち年800万円以下の金額に対する法人税の軽減税率を18％（現行22％）に引き下げる。

（注１）中小法人等とは、次の法人をいう。

（１）　普通法人のうち各事業年度終了の時において資本金の額若しくは出資金の額が１億円以下であるもの又は資本若しくは出資を有しないもの（保険業法に規定する相互会社等を除く。）

（２）　公益法人等

（３）　協同組合等

（４）　人格のない社団等

（注２）協同組合等又は特定医療法人が連結親法人である場合の税率は、単体制度と同様に、年800万円以下の金額に対して19％（現行23％）に引き下げる。

２　中小法人等の平成21年２月１日以後に終了する各事業年度において生じた欠損金額については、欠損金の繰戻しによる還付制度の適用ができることとする。

（注）中小法人等の範囲は、上記１の項と同様。
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今回のNPO法人における収益事業の軽減税率変更については、下記ニュースも参照。
NPOWEBニュース「収益事業の軽減税率が１８％へ」
/2009/01/その他-収益事業の軽減税率が１８％へ/