NPOWEB

投稿から間もなく所轄の法務局に問い合わせたところ、担当者の方はこういうケースは珍しいと悩まれていましたが、検討後、連絡してくれるとのことで、数時間後に以下の回答がありました。
「通常総会議事録には、その時点で選任されているのでその通りに記載する。その後、６月中に理事会を開催し、その中で理事辞任の承認を行い、そのことを理事会議事録に記載する。法務局へ登記申請の際は、この２種類の議事録を添付して下さい。」
とのことでした。遅くなりましたが、以上のような回答を得て解決したことをご報告させていただきます。