NPOWEB

お世話になります。
法人税について質問させていただきます。

ふるさと雇用再生特別対策事業を受託しております。
委託年度終了後に差額を返還するといった実費精算です。

過去の「なんでも質問箱」で同じような質問を見つけましたが、
そちらには「委託業務に要した経費が委託料の額に満たないときは差額を返還するといった実費精算の定めがある場合であれば、収益事業にはあたりません。（中略）
　なお、実費精算方式の委託事業に該当しても、そのことについて税務署長の確認を受けなければ収益事業とされますのでご注意下さい。」とありました。
実費精算は収益事業にあたらないと判断しましたが、「税務署長の確認を～」で迷っています。
どのように確認を受けるのでしょうか？

当団体の事業年度が６月～５月、「ふるさと雇用～」は４月～３月で、どうしても４月５月分で収益が発生し、課税となります。
白色申告から青色申告に変更すれば問題ないのでしょうか？