10,000円から源泉所得税1,000円を控除したということがわかれば、特に形式はありません。
金額欄に10,000円と書いた場合は、「上記の内1,000円を源泉所得税としてお預けしました」というような注書きを書けばよいし、金額欄に9,000円と書いた場合は、「上記の外1,000円を源泉所得税としてお預けしました」というような注書きをかけばよいでしょう。
どちらかといえば、最初の方式が多いと思います。
（脇坂）
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