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横レスします。理事の変更の登記を申請する際に添付書類として総会議事録の署名人の
印鑑証明書を要求される根拠は、法人登記規則第9条で準用される商業登記規則第82条3
項です。その条文には「代表取締役の就任による変更の登記の申請書には、取締役会議
事録の印鑑につき市区村長の作成した証明書を添付しなければならない。ただし、当該
議事録の印鑑と変更前の代表取締役が登記所に提出している印鑑とが同一であるときは、
このかぎりでない。」とあります。
法人の代表権を持つ者（つまりＮＰＯ法人の場合は理事です）の就任を登記する場合、
その申請書の添付書類である「その理事を選任したことを証明する議事録」にはその署
名者の実印を押印しなければならず、その印鑑証明書の添付も要求されるということで
す。ですから理事の就任以外の変更登記を申請する場合には、実印である必要はありま
せん。
また82条3項の後半ただし書きにあるように、登記所に届けている代表者印がその議
事録に押印されていれば、市区町村長の作成した印鑑証明書を省略できます。
つまり法人代表者印の名義人（多くの法人では理事長又は会長）が議長若しくは議事録
署名人に選任され、議事録にその代表者印を押印すれば他の署名人の印鑑証明書を添付
する必要がありません。
赤塚先生が言われた「面倒なこと」とは、議事録に署名した者（通常は3人ですね）の印
鑑証明書を集めることだと思われます。
法人の代表者を議長や議事録署名人に選任せず、議長と議事録署名人の印鑑証明書を添付
して登記の申請をすることには何の問題もありません。ただ印鑑証明書を集める手間とお
金がかかります。