NPOWEB

横から意見を言わせてもらいます。
ＮＰＯに特有の規定があるわけではありませんが、そもそもＮＰＯ法人の場合は、「収益事業」にのみ課税するという大前提があるので、通常寄付金は非課税としているのです。

この寄付金については、寄付自体の目的あるいは使途が特定されているか否かがポイントになります。特に指定がない場合（これが大半だろうと思います。ＮＰＯ法人全体にわたって役立ててほしいという主旨です）は、本部会計（非収益事業）などで受け入れて非課税としてよいと考えます。

問題は脇坂さんもご指摘の通り、収益事業の収益または経費を補てんする目的の寄付金は、収益事業に算入する（益金とする）ことになります。

結局寄付金の目的がはっきりとしているのか（寄付者の使途指定の申込書があるなど）否かという点が、最大のポイントとなります。