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ＮＰＯ法上の問題と法人税法上の問題に分けて考える必要があります。

まず法人税法上は、理事長、副理事長は使用人兼務役員になれませんので、賞与を支給したとしても損金になりません。どうしても上乗せしたいというのなら、毎月定額の給料を増額するしか方法がありません。代表権を理事長などに制限している法人では、他の理事は使用人兼務役員となれます。

ＮＰＯ法上は役員賞与は禁止している分配に近いものと疑われる可能性がありますが、賞与の支給を全く禁止しているわけではありません。ただ役員報酬にはなりますので、事業報告などには書くことが必要でです。